これからの

 攫われたミディックを救出し、エイリアスワールドのボス

「ブートレグ」を見事撃破したプリミディアの3人。

ダウォトスの出現もなくなり、

ネット音楽の世界となな達の日常に平和が訪れた。
エイリアスワールドの脅威から守るために封印され、

機能を停止していたムジカルトーンプラグインも

元に戻すことになったが、それには4本すべての

X-ライセンサーが必要だった。

なな達が持っているのは

ムジカーレのプリンセス「ディーヴァ」である

「テルミノ」がミディックに託した3本。

残りの１本はテルミノが持っているが、彼女は行方をくらませていて

その居場所はミディックにもわからないという。

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 夏休みも近づき、文化祭に向けた準備を進めるDTM部の3人。

そんなある日ななは街中で不思議な楽器を演奏する女性

「テルミ」と出会う。テルミはなな・くるこ・つづみの3人と

話したいことがあると言い残すと姿を消してしまった。
翌日テルミはDTM部の3人の前に現れ、その正体が

ムジカーレのプリンセス「ディーヴァ」であることを明かす。

テルミはムジカーレに伝わる伝説のテルミンを演奏することで

トーンエナジーを制御し、停止していた

ムジカルトーンプラグインの機能を担っていたのであった。

エイリアスワールドが無くなった今、その必要はなくなったため

直接なな達に会いに来たのである。

​

4人はムジカーレに向かい、

ムジカルトーンプラグインの封印を解こうとした。

しかしテルミは不穏な気配を感じていた。

すると彼女らの前に進化したダウォトス

「サヴァオトス」が出現する。

さらに悲しげなオンドマルトノの旋律とともに

テルミの妹「マルトノ」が4人の前に現れた！

​

 テルミとマルトノは仲の良い姉妹であったが、

自分がムジカーレのプリンセス「ディーヴァ」に

選ばれなかったことを屈辱に感じたマルトノは

ムジカーレを飛び出して

数年前から行方不明になっていた。

そしてその心の闇をブートレグに利用され、

「エイリアスディーヴァ」となってしまっていたのだった。

闇に落ちた妹を救いたいテルミの強い想いに反応し、

彼女の伝説のテルミンは

「ムジカルディーヴァテルミン」に変化した。

テルミはそれにX-ライセンサーをセットし

「ミディディーヴァ」に変身する。

ミディディーヴァは

「プリミディア・ディーヴァ・コンボリューション」で

サヴァオトスを浄化したが、マルトノは姿を眩ましてしまった。

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マルトノ率いる「ネオエイリアスワールド」と

新たな仲間を加えたプリミディア達との戦いが始まる！